Il MuDi è dotato di uno spazioso laboratorio di restauro, all'interno del quale poter effettuare interventi di restauro e manutenzione delle opere esposte nel Museo e delle opere appartenenti al patrimonio ecclesiastico diocesano. Inoltre lo spazio si presta ad essere affittato a restauratori che non dispongono di un proprio laboratorio.

Attrezzature in dotazione:
- 2 ampi tavoli e vari armadi e cassettiere in metallo;
- 1 tavola a bassa pressione;
- 1 demineralizzatore;
- 3 lampade telescopiche.